Gegen Ende des 19. Jahrhunderts er­lebte die Stadt Düsseldorf ein starkes Wachs­tum. Die Gemeinde St. Peter war nach ih­rer Gründung 1891 auf 21.000 Ka­tho­liken angewachsen, und es stellte sich die Frage nach einer Aufteilung der Pfarre und der Errich­tung einer neuen Kirche; der Kir­chen­vorstand von St. Peter beschloss die Grün­dung von St. Anto­nius. 1904 wurden der Architekt Wilhelm Sül­ten­fuß und sein Sohn Paul mit dem Ent­wurf und Bau der Kirche beauf­tragt. Sie entwarfen den Neu­bau im spätro­mani­schen Stil als dreischiffi­ges Ge­bäude mit Querschnitt­fassade, Lang­haus, Quer­schiff und Chor­haus mit Chorkapellen nach basilikalem Schema. Die Kirche erhielt einen Turm, der einen hohen spitzen Turm­helm be­saß.

1905 erfolgte der erste Spatenstich und am 21. Oktober 1906 wurde der Grund­stein gelegt. Am 13. Juni 1909, nach knapp vier­jähri­ger Bauzeit, am Fest des Heiligen Anto­nius von Pa­dua, wurde die Kir­che einge­segnet. Am 10. Oktober des gleichen Jahres wurde die Kirche vom damaligen Kölner Kardi­nal konsekriert. 

1912 erhielt die Kirche ihre fünf Glo­cken, gegossen von der Firma Otto in Heme­li­gen/Bremen. Die größte Glo­cke, Anto­nius, hat ein Gewicht von 68 Zent­nern, die vier klei­neren, be­nannt nach der Got­tes­mutter Maria, dem Heiligen Josef dem Heili­gen Petrus und dem Düssel­dorfer Stadt­patron St. Apolli­na­ris, wie­gen zu­sammen 100 Zentner. Wegen ihrer Klang­schönheit wurden diese Glocken während des ersten Welt­krieges von der Beschlag­nahme befreit. 

1914 wurde der „seelsorgerische Be­zirk St. Antonius in der Pfarre St. Peter“ zur selbständigen Pfarre St. Antonius erho­ben.

Den ersten Weltkrieg 1914 — 1918 hat die St. Antoniuskirche im We­sentlichen un­be­schädigt überstanden, aber es gab viele Tote aus der Ge­meinde zu bekla­gen. 

1942 wurden die vier größeren Glo­cken beschlagnahmt, sie sollten als „kriegs­wich­tiges Material“ einge­schmolzen wer­den. Das Geläut aller 5 Glocken war be­reits am 30.06.1940 auf Schallplatten aufge­nom­men wor­den, um es der Nachwelt zu er­halten. Am 12. und 13. Juni 1943 wurde die Kir­che durch eine Luftmine und Brand­bom­ben stark zer­stört. Dach­stuhl, Ge­wölbe, Fenster und die Sa­kristei wur­den ein Op­fer des Luft­drucks und der Flam­men. Am 3. Ok­to­ber 1943 zerstörte ein er­neuter An­griff die Kirche fast vollstän­dig. Turm­helm und Orgel brannten ab. Ende 1945 konnte das rechte Seiten­schiff wieder für den Gottesdienst ge­nutzt wer­den. 

Im März 1947 wurde mit dem Wieder­auf­bau begonnen. Am 26. September 1949 kehrten die 4 be­schlagnahmten Glocken wieder zu­rück. Sie waren nicht mehr einge­schmolzen worden und hat­ten das Kriegsende im südli­chen Harz über­lebt. Nach Vollen­dung des Turms -  allerdings ohne Helm -  und Wieder­er­richtung des Glockenstuhls konnten die Glocken am 28. Juni 1950 wieder er­klingen. Am 22. Dezember 1954 war der Wie­der­aufbau vollendet.

1956 wurde der Auftrag für eine neue Or­gel an die Firma Krell, Duderstadt, verge­ben. Sie wurde am 13. Juni, dem Patrozi­nium, eingeweiht und glich im Prospekt und in der Disposition der im Krieg zer­störten Orgel.

1958 wurde die Genehmigung für den seit 1926 geplanten Bau des Pfarr­heims und des Kinder­gar­tens erteilt und 1959 konnte der Bau eingeweiht werden. 

1964 bis 1967 wurde der Kirchen­in­nen­raum durch Walter Nitsch nach den Anwei­sungen des II. Vatikani­schen Kon­zils neu gestaltet, z.B. wurde der Altar in die Mitte der Vie­rung vorgezo­gen. 1968 erhielt die Kirche am Haupt­ein­gang ein neues Portal. 

Im Mai/Juni 1983 wurden notwen­di­ge Re­novierungsarbeiten an St. An­tonius vom Generalvikariat Köln ge­nehmigt und sofort begonnen. Unter Ar­chitek­ten Paul Maier-La­mers und sei­ner Tochter Beatrix Maier-Lamers wurde die Kirche restau­riert und neu gestal­tet. 

Am 9. November 1983 wird die Kir­che als ein „ortsbildprägendes Ge­bäude“ un­ter Denkmalschutz gestellt. 

1997 begannen die mehrjährigen In­stand­setzungsarbei­ten; sie wurden in zwei Bau­abschnitten durch­ge­führt, da­mit die Got­tesdienste in der Kir­che weiterhin statt­fin­den konnten. Das beim Bau der Kirche verarbeitete Material ist kalkgebundener Bims­stein. Dieser war u. a. im Langhaus, der Vierung und im Querhaus unter der Mörtel­schale durch Kriegseinwir­kungen geschädigt. Das Gewölbe wurde durch ein chemi­sches Spezial­tränkungsverfah­ren sa­niert und gefes­tigt. Die übrigen Gewölbe­flä­chen mussten aus statischen Gründen aus ze­mentgebundenen Bims­steinen er­neuert werden. Dabei wurden im Haupt­schiff, im Chor, in der gesam­ten Apsis und in den beiden Querschif­fen Edelstahlzug­anker eingesetzt. 90 % der gesamten Putz­­flächen wurden er­neuert. Unterhalb der Orgel und im Raum der Stille wurde im So­ckelbe­reich ein Sanierputzsystem aufge­bracht. Im Chorbereich wurden die sechs klei­nen Chorfenster wieder frei­gelegt. Hier und in den beiden großen runden Obergar­den-Fenstern über der Orgel­empore, links vom Tabernakel und rechts im Langschiff sind weitere neue Prismenfenster nach den Entwürfen des Künstlers Dieter Hartmann  von der Firma Glasmalerei De­rix in Ke­velaer ge­fertigt und einge­setzt worden. Im Laufe der Zeit sol­len auch die übrigen Fenster ent­sprechend er­neuert wer­den. 

Parallel zu den Instandsetzungsarbei­ten führte der Dipl.-Restaurator Tho­mas Lehmkuhl restauratorische Maß­nahmen an den bildhauerisch, künstle­risch reich ges­talteten Kapitellen, Ge­simsen usw. durch. Der alte Anstrich auf Kunststoff­basis wurde entfernt. Beschädigungen und Fehl­stellen wur­den mit artgleichem Steinma­te­rial wieder hergestellt. Die malerische Ge­samtgestaltung des Kir­chenraumes ge­schah ebenfalls un­ter der künstleri­schen Leitung von Dieter Hart­mann und erfolgte durch die Fir­men Fri­dolin Adam und Lehm­kuhl. Während der Innensanierung wurde unter­halb der Orgelempore zum Raum der Stille hin eine reich gestal­tete Sandstein­säule mit Base und Kapitell und alter Farb­gebung gefunden und frei­gelegt. 

Am 6.4.2003, Passionssonntag, nach 20 Jahren Renovierung, wurde die Kirche in Anwesenheit von Weihbi­schof  Hof­mann wieder eröffnet.